Polyvalente, riche de 80000 ouvrages , la bibliothèque de Valpré est toutefois spécialisée dans les sciences religieuses et dans la presse écrite.

Outre des collections importantes pour la théologie chrétienne et son histoire, elle possède toutes les grandes collections indispensables à cette étude et des fonds spécialisés sur les diverses religions, la Russie, l’Orthodoxie, le protestantisme , l’histoire des Noirs Américains et de l’Afrique.

Elle seule dispose à Lyon des collections complètes des grands titres de Bayard : la Croix, le Pèlerin,… et d’autres titres des XIX° et XX °siècles. Ceux ci sont particulièrement utiles pour des mémoires ou des thèses d’histoire.